MCP Simple PubMed

一个提供通过Entrez API访问PubMed文章的MCP服务器。

功能

• 使用关键词搜索PubMed数据库
• 访问文章摘要
• 当可用时下载全文（对于直接在PubMed上可获取的开放获取文章）

请注意，该工具返回全文的XML化版本。然而，对于AI来说，这比“人类可读”的文本更有用，因为它提供了关于文档结构的额外信息。至少，这是Claude 3.5 Sonnet说他偏好的。

请另外注意，该工具和其他工具可能无法提供某篇论文的全文，这可能并非因为论文不可获取。在测试该工具时，我遇到了一篇PubMed上没有全文的论文，当Claude使用fetch访问通过DOI获取的出版URL时，他收到了“禁止访问”的错误。然而，我能够使用普通浏览器访问同一页面。

换句话说，如果您的AI助手无法使用该工具获取某篇论文的全文，值得尝试使用普通网络浏览器手动获取。

最后，该工具当然无法提供对付费/受版权保护论文的访问。您可能可以通过图书馆访问权限阅读它们，或者在万不得已的情况下，通过某个致力于将公共资助研究免费公开的网站阅读。

安装

通过Smithery安装

要自动通过Smithery为Claude Desktop安装Simple PubMed：

npx -y @smithery/cli install mcp-simple-pubmed --client claude

手动安装

pip install mcp-simple-pubmed

配置

服务器需要以下环境变量：

• PUBMED_EMAIL: 您的邮箱地址（NCBI要求）
• PUBMED_API_KEY: 可选API密钥（用于提高速率限制）

标准速率限制为每秒3次请求。未实施速率限制，因为在典型使用场景中，您的AI不太可能产生更多流量。如果您需要，可以注册API密钥，这将为您提供每秒10次请求。在NCBI页面了解更多。

与Claude Desktop的配合使用

添加到您的Claude Desktop配置文件（claude_desktop_config.json）：

(Mac OS)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "python",
      "args": ["-m", "mcp_simple_pubmed"],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

(Windows)

{
  "mcpServers": {
    "simple-pubmed": {
      "command": "C:\\Users\\YOUR_USERNAME\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python311\\python.exe",
      "args": [
        "-m",
        "mcp_simple_pubmed"
      ],
      "env": {
        "PUBMED_EMAIL": "your-email@example.com",
        "PUBMED_API_KEY": "your-api-key" 
      }
    }
  }
}

许可证

MIT许可证