LabClaw – LabOS 操作层 (斯坦福-普林斯顿 AI 合作科学家)
为干式实验室推理、协议组合和智能工作流程提供支持,以实现与 LabOS XR/湿式实验室执行的闭环。
☕ 支持我们的研究 (基础): 0x41060E28a182C2CA5ff66C6D3de70D90a9d83a98
☕ 支持我们的研究 (Solana): 6MKtYQYvn7k6PiTEE3N22wu6LoB36XVC2SoRqdL3bFom
没有加密货币关联,所有代币都是骗局
LabClaw 是一个技能库,而不是一个单体软件包。您可以安装完整集合,也可以只复制与您的研究工作流程匹配的技能文件夹。
概述
LabClaw 打包了 211 个生产就绪的 SKILL.md 文件,涵盖生物学、实验室自动化、视觉/XR、药物发现、医学、数据科学和文献研究等生物医学 AI 工作流程。每个技能都教 OpenClaw 兼容的智能体何时使用工具,如何调用它,以及产生何种类型的输出。
该集合的设计目的是为想要实用、模块化技能层的研究人员提供支持,而不是通用的提示包。您可以用它作为一个广泛的入门库,或者只挑选与您的实验室、团队或项目相关的子文件夹。
一览
| 领域 | 技能 | 重点 |
|---|---|---|
| 🧬 生物学 & 生命科学 | 66 | 生物信息学、单细胞、基因组学、蛋白质组学、多组学、数据库 |
| 🤖 LabOS & 自动化 | 7 | 实验室机器人、LIMS/ELN、云平台、协议管理 |
| 👁️ 视觉 & XR | 5 | 手势跟踪、3D 姿态估计、分割、第一人称视觉 |
| 💊 药物 & 药物发现 | 36 | 化学信息学、分子对接、药物设计、药理学、药物数据库 |
| 🏥 医疗 & 临床 | 20 | 临床研究、精准医学、肿瘤学、传染病和医学影像 |
| ⚙️ 通用 & 数据科学 | 48 | 统计学、机器学习、数据管理、可视化、科学写作 |
| 📚 文献 & 搜索 | 29 | 学术搜索、生物医学数据库、多源发现、专利、拨款、引文 |
典型工作流程
| 工作流程 | 示例技能 |
|---|---|
| 单细胞和空间组学 | anndata, scanpy, tooluniverse-spatial-transcriptomics |
| 药物发现和分子设计 | rdkit, diffdock, tooluniverse-drug-repurposing |
| 临床和精准医学 | clinical, tooluniverse-precision-oncology, clinicaltrials-database |
| 统计学、ML 和图形生成 | statistics, scikit-learn, scientific-visualization |
| 文献综述和报告 | pubmed-search, citation-management, scientific-writing |
3-秒快速入门
只需向 OpenClaw 发送消息:
install https://github.com/wu-yc/LabClaw
用例
在实验室 (带 XR):
仓库布局
LabClaw/
├── README.md
├── README.zh-CN.md
└── skills/
├── bio/ # 66 个技能:基因组学、蛋白质组学、单细胞、系统生物学
├── labos/ # 7 个技能:实验室机器人、LIMS/ELN、云平台、协议
├── vision/ # 5 个技能:手势跟踪、3D 姿态估计、分割、第一人称
├── pharma/ # 36 个技能:化学信息学、对接、药物设计、药理学
├── med/ # 20 个技能:临床研究、精准医学、肿瘤学、影像学
├── general/ # 48 个技能:统计学、ML、可视化、写作、可重复性
└── literature/ # 29 个技能:搜索、数据库、拨款、专利、引文
相关仓库
如果您想将 LabClaw 放入更广泛的生物医学智能体生态系统中,这些项目特别相关:
| 仓库 | 为什么它很重要 |
|---|---|
openclaw/openclaw | LabClaw 设计用来适配的主要运行时,它加载工作空间技能并提供技能平台、入职流程和智能体工作空间模型。 |
mims-harvard/ToolUniverse | 一个大型 AI 科学家工具生态系统。LabClaw 包含许多跨组学、药物发现、临床工作流程和文献研究的 tooluniverse-* 技能。 |
snap-stanford/Biomni | 一个互补的生物医学 AI 智能体项目。LabClaw 已经包含一个 biomni 技能,使其成为探索自主生物医学研究智能体的自然参考点。 |
完整技能目录
原始目录被保留在下方,但已分组到可折叠部分,以便在 GitHub 上更容易浏览。
🧬 生物学 & 生命科学 — 66 个技能
用于基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞分析、结构生物学、系统生物学和实验室自动化的工具。
66 个技能 · skills/bio/
生物信息学核心
| 技能 | 描述 |
|---|---|
arboreto | 使用可扩展算法 (GRNBoost2, GENIE3) 推断基因调控网络 (GRN) 的基因表达数据。在需要... 时使用 |
bioinformatics | 计算生物学和基因组学分析管道。 GENERAL: 不锁定任何特定工具 — 使用 Scanpy, Seurat, DE... |
biomni | 自主生物医学 AI 智能体框架,用于跨基因组学、药物发现、分子... 执行复杂研究任务。 |
biopython | 综合分子生物学工具包。用于序列操作、文件解析 (FASTA/GenBank/PDB), 系统发育分析,... |
cobrapy | 基于约束的代谢建模 (COBRA)。FBA, FVA, 基因敲除, 通量采样, SBML 模型, 用于系统生物学... |
etetoolkit | 系统发育树工具包 (ETE)。树操作 (Newick/NHX), 进化事件检测, 正交/异质, NCBI ... |
geniml | 此技能应在处理基因组区间数据 (BED 文件) 进行机器学习任务时使用。用于... |
gget | 快速 CLI/Python 查询 20 多个生物信息学数据库。在需要快速查找基因信息、BLAST 搜索、AlphaFold 结构... 时使用 |
gtars | 高性能工具包,用于 Rust 中的基因组区间分析,具有 Python 绑定。在需要处理基因组区域... 时使用 |
hypogenic | 自动化 LLM 驱动的假设生成和测试,适用于表格数据。在需要系统地探索... 时使用 |
scikit-bio | 生物数据工具包。序列分析、比对、系统发育树、多样性指标 (alpha/beta, UniFrac), 排序... |
单细胞 & 空间转录组学
| 技能 | 描述 |
|---|---|
anndata | 单细胞分析中用于注释矩阵的数据结构。在需要处理 .h5ad 文件或与... 集成时使用 |
cellxgene-census | 查询 CELLxGENE 人口普查 (61M+ 细胞)。在需要跨组织、疾病或... 获取表达数据时使用 |
scanpy | 标准单细胞 RNA 测序分析管道。用于 QC、归一化、降维 (PCA/UMAP/t-SNE), 聚类... |
scvi-tools | 单细胞组学深度生成模型。在需要概率批次校正 (scVI), 转移学习... 时使用 |
tooluniverse-single-cell | 使用 scanpy、anndata 和 scipy 进行生产就绪的单细胞和表达矩阵分析。执行 scRNA-seq QC、归一化、降维... |
tooluniverse-spatial-omics-analysis | 空间多组学数据整合和分析的计算分析框架。给定空间变量基因 (SVG), 空间... |
tooluniverse-spatial-transcriptomics | 分析空间转录组学数据,以在组织结构中绘制基因表达。支持 10x Visium、MERFISH、seqFISH... |
umap-learn | UMAP 降维。快速非线性流形学习,用于 2D/3D 可视化、聚类预处理 (HDBSCAN), 监督/参数化 UMAP, 高维数据... |
基因组学、NGS & 变异分析
| 技能 | 描述 |
|---|---|
deeptools | NGS 分析工具包。BAM 到 bigWig 转换, QC (相关性, PCA, 指纹), 热图/轮廓 (TSS, 峰值), 用于... |
pydeseq2 | 差异基因表达分析 (Python DESeq2)。从批量 RNA 测序计数中识别 DE 基因, Wald 检验, FDR 校正... |
pysam | 基因组文件工具包。读取/写入 SAM/BAM/CRAM 对齐, VCF/BCF 变异, FASTA/FASTQ 序列, 提取区域, 计算... |
tooluniverse-crispr-screen-analysis | 综合 CRISPR 筛选分析,用于功能基因组学。分析池化或阵列 CRISPR 筛选 (敲除, 激活... |
tooluniverse-epigenomics | 用于 BixBench 问题的生产就绪基因组学和表观遗传学数据处理。处理甲基化阵列分析 (CpG)... |
tooluniverse-expression-data-retrieval | 从 ArrayExpress 和 BioStudies 中检索基因表达和组学数据集。包含基因消歧, 实验质量评估, 结构化报告。创建包含元数据、样本信息、下载链接的全面数据集概况。在需要表达数据、组学数据集或提及 ArrayExpress (E-MTAB, E-GEOD) 或 BioStudies (S-BSST) 访问权限时使用 |
tooluniverse-gene-enrichment | 使用 gseapy (ORA 和 GSEA), PANTHER, STRING, Reactome 和 4... 执行综合基因富集和通路分析 |
tooluniverse-gwas-drug-discovery | 将 GWAS 信号转换为可操作的药物靶点和药物重定位机会。执行... |
tooluniverse-gwas-finemapping | 使用统计精细映射和基因座到基因预测,在 GWAS 位点识别和优先排序因果变异。计算... |
tooluniverse-gwas-snp-interpretation | 通过聚合来自多个数据库 (GWAS Catalog, Open ... ) 的证据来解释 GWAS 研究中的遗传变异 (SNP)。 |
tooluniverse-gwas-study-explorer | 比较 GWAS 研究,执行元分析,评估跨队列的复制。整合 NHGRI-EBI GWAS 目录和... |
tooluniverse-gwas-trait-to-gene | 使用 GWAS Catalog (500,000+ 关联) 和 Open ... 发现与疾病和性状相关的基因 |
tooluniverse-immune-repertoire-analysis | 全面免疫组库分析,适用于 T 细胞和 B 细胞受体测序数据。分析 TCR/BCR 组库以... |
tooluniverse-polygenic-risk-score | 使用 GWAS 摘要统计数据构建和解释多基因风险评分 (PRS)。计算... |
tooluniverse-rnaseq-deseq2 | 使用 PyDESeq2 进行生产就绪的 RNA 测序差异表达分析。执行 DESeq2 归一化, 散度估计... |
tooluniverse-sequence-retrieval | 从 NCBI 和 ENA 检索生物序列 (DNA, RNA, 蛋白质)。包含基因消歧, 访问类型处理, 质量评估... |
tooluniverse-structural-variant-analysis | 临床基因组学中综合结构变异 (SV) 分析技能。对 SV 进行分类 (缺失, 复制, 逆转录...) |
tooluniverse-variant-analysis | 生产就绪的 VCF 处理、变异注释、突变分析和结构变异 (SV/CNV) 解释。 |
tooluniverse-variant-interpretation | 从原始变异调用系统地解释临床变异。提供 ACMG 分类建议, 结构影响... |
蛋白质组学 & 结构生物学
| 技能 | 描述 |
|---|---|
alphafold-database | 访问 AlphaFold 200M+ AI 预测的蛋白质结构。通过 UniProt ID 获取结构, 下载 PDB/mmCIF 文件, 分析... |
esm | 蛋白质语言模型的综合工具包,包括 ESM3 (跨序列、... 生成多模态蛋白质设计) |
pyopenms | 完整的质量光谱分析平台。用于蛋白质组学工作流程中的特征检测、肽段鉴定, 质谱数据处理... |
tooluniverse-protein-interactions | 使用 STRING, BioGRID 和 SASBDB 数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用网络。映射蛋白质标识符, 获取... |
tooluniverse-protein-structure-retrieval | 从 RCSB PDB, PDBe 和 AlphaFold 获取蛋白质结构数据。包含蛋白质消歧, 质量评估... |
tooluniverse-proteomics-analysis | 分析质谱蛋白质组学数据,包括蛋白质定量、差异表达、翻译后修饰... |
uniprot-database | 直接 REST API 访问 UniProt。蛋白质搜索, FASTA 检索, ID 映射, Swiss-Prot/TrEMBL。用于 Python 工作流程中的蛋白质信息... |
多组学 & 系统生物学
| 技能 | 描述 |
|---|---|
matchms | 质谱相似性和化合物鉴定,用于代谢组学。用于比较质谱, 计算相似度得分... |
tooluniverse-metabolomics | 综合代谢组学研究技能,用于鉴定代谢物, 分析研究, 搜索代谢组学数据。 |
tooluniverse-metabolomics-analysis | 分析代谢组学数据,包括代谢物鉴定, 定量, 通路分析, 代谢通量分析。提供... |
tooluniverse-multi-omics-integration | 整合和分析多个组学数据集 (转录组学、蛋白质组学、表观遗传学、基因组学、代谢组学) 用于系统生物学。 |
tooluniverse-multiomic-disease-characterization | 综合多组学、通路、治疗和疾病数据,进行疾病表征。 |
tooluniverse-phylogenetics | 生产就绪的系统发育和序列分析技能。用于比对处理, 树分析, 进化事件检测... |
tooluniverse-systems-biology | 使用多个通路数据库 (Reactome, KEGG, WikiPathways, Pathway... ) 进行综合系统生物学和通路分析 |
生物数据库
| 技能 | 描述 |
|---|---|
brenda-database | 通过 SOAP API 访问 BRENDA 酶数据库。检索酶动力学参数 (Km, kcat), 反应方程式, 生物体数据, ... |
clinpgx-database | 访问 ClinPGx 药物基因组学数据 (PharmGKB 的继任者)。查询基因-药物相互作用, CPIC 指南, 等位基因功能... |
cosmic-database | 访问 COSMIC 癌症突变数据库。查询体细胞突变, 癌症基因目录, 突变特征, 基因组融合... |
ena-database | 通过 API/FTP 访问欧洲核苷酸档案。检索 DNA/RNA 序列, 原始读取 (FASTQ), 基因组组装... |
ensembl-database | 查询 Ensembl 基因组数据库 REST API, 250+ 物种。基因查找, 序列检索, 变异分析, 比较基因组学... |
kegg-database | 直接 REST API 访问 KEGG (仅限学术使用)。通路分析, 基因-通路映射, 代谢通路, 药物相互作用... |
metabolomics-workbench-database | 通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台 (4,200+ 研究)。查询代谢物, RefMet 命名法, MS/NMR 数据, 化学物质/代谢物... |
reactome-database | 查询 Reactome REST API, 用于通路分析, 富集, 基因-通路映射, 疾病通路, 分子相互作用... |
string-database | 查询 STRING API, 用于蛋白质-蛋白质相互作用 (59M 蛋白质, 20B 相互作用)。网络分析, GO/KEGG 富集... |
实验室平台 & 成像
| 技能 | 描述 |
|---|---|
flowio | 解析 FCS (流式细胞术标准) 文件 v2.0-3.1。将事件作为 NumPy 数组提取, 读取元数据/通道, 转换为 CDF 格式... |
histolab | 轻量级 WSI 图像提取和预处理。用于基本切片处理, 组织检测, 图像提取, 状态检测... |
lamindb | 当您正在处理 LaminDB (生物学开源数据框架) 时使用此技能, 使数据可查询... |
omero-integration | 显微镜数据管理平台。通过 Python 访问图像, 检索数据集, 分析像素, 管理ROIs/注释... |
pathml | 功能齐全的计算病理学工具包。用于高级 WSI 分析, 包括多重免疫荧光 (C... |
🤖 LabOS & 实验室自动化 — 7 个技能
用于实验室机器人、LIMS/ELN 系统、云平台和科学协议管理的工具。针对斯坦福 LabOS 工作流程和自动化实验室研究进行了优化。
7 个技能 · skills/labos/
实验室机器人 & 自动化
| 技能 | 描述 |
|---|---|
pylabrobot | 厂商无关的实验室自动化框架。在需要控制多个设备类型 (Hamilton, Tecan, Opentrons, 移液仪, 读取器, 泵) 或需要在不同厂商之间统一编程时使用。最适合复杂工作流程, 多厂商设置, 仿真。 |
opentrons-integration | 官方 Opentrons 协议 API, 用于 OT-2 和 Flex 机器人。在编写针对 Opentrons 硬件的协议时使用, 具有对 Protocol API v2 功能的完整访问权限。最适合生产 Opentrons 协议, 官方 API 兼容性。 |
LIMS/ELN 系统
| 技能 | 描述 |
|---|---|
benchling-integration | Benchling R&D 平台集成。通过 API 访问注册 (DNA, 蛋白质), 库存, ELN 条目, 工作流程。 |
labarchive-integration | 电子实验室笔记本 API 集成。访问笔记本, 管理条目/附件, 备份笔记本, 与实验室工作流程集成。 |
实验室云平台
| 技能 | 描述 |
|---|---|
latchbio-integration | 用于生物信息学工作流程的 Latch 平台。使用 Latch SDK, @workflow/@task 装饰器, 部署无服务器生物信息学应用程序, 云生物信息学。 |
dnanexus-integration | DNAnexus 云基因组平台。构建应用程序/applets, 管理数据 (上传/下载), dxpy Python SDK |