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wu-yc/LabClaw

LabClaw – Operating Layer for LabOS (Stanford-Princeton AI Co-Scientists)

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星标增长

每根柱子是这个周期记录下来的 star 增长:优先取逐个 stargazer 到达时间分桶的到达数,还没被 stargazer 扫描覆盖的仓库改用该周期的 star 净增;两个写者都没记录的周期画成虚线空档,而不是当成 0。柱高按各自窗口的峰值归一,两张图不共用坐标轴。指向任意一根柱子, tooltip 里是该周期的九项指标:当前值与周期内的净增。

还没有日粒度数据。每次采集会补齐最近 90 天,下一次采集后这里才会有曲线。

证据时间轴

这个项目还没有记录到异动、发布或许可证变化。

README
该仓库存储的文档,若已生成中文翻译则一并显示

LabClaw – LabOS 操作层 (斯坦福-普林斯顿 AI 合作科学家)

LabClaw Logo

为干式实验室推理、协议组合和智能工作流程提供支持,以实现与 LabOS XR/湿式实验室执行的闭环。

技能 生物学 LabOS 视觉 药物 医学 通用 文献 许可

英语 · 简体中文 · 项目


☕ 支持我们的研究 (基础): 0x41060E28a182C2CA5ff66C6D3de70D90a9d83a98

☕ 支持我们的研究 (Solana): 6MKtYQYvn7k6PiTEE3N22wu6LoB36XVC2SoRqdL3bFom

没有加密货币关联,所有代币都是骗局

LabClaw 是一个技能库,而不是一个单体软件包。您可以安装完整集合,也可以只复制与您的研究工作流程匹配的技能文件夹。


概述

LabClaw 打包了 211 个生产就绪的 SKILL.md 文件,涵盖生物学、实验室自动化、视觉/XR、药物发现、医学、数据科学和文献研究等生物医学 AI 工作流程。每个技能都教 OpenClaw 兼容的智能体何时使用工具,如何调用它,以及产生何种类型的输出。

该集合的设计目的是为想要实用、模块化技能层的研究人员提供支持,而不是通用的提示包。您可以用它作为一个广泛的入门库,或者只挑选与您的实验室、团队或项目相关的子文件夹。

一览

领域技能重点
🧬 生物学 & 生命科学66生物信息学、单细胞、基因组学、蛋白质组学、多组学、数据库
🤖 LabOS & 自动化7实验室机器人、LIMS/ELN、云平台、协议管理
👁️ 视觉 & XR5手势跟踪、3D 姿态估计、分割、第一人称视觉
💊 药物 & 药物发现36化学信息学、分子对接、药物设计、药理学、药物数据库
🏥 医疗 & 临床20临床研究、精准医学、肿瘤学、传染病和医学影像
⚙️ 通用 & 数据科学48统计学、机器学习、数据管理、可视化、科学写作
📚 文献 & 搜索29学术搜索、生物医学数据库、多源发现、专利、拨款、引文

典型工作流程

工作流程示例技能
单细胞和空间组学anndata, scanpy, tooluniverse-spatial-transcriptomics
药物发现和分子设计rdkit, diffdock, tooluniverse-drug-repurposing
临床和精准医学clinical, tooluniverse-precision-oncology, clinicaltrials-database
统计学、ML 和图形生成statistics, scikit-learn, scientific-visualization
文献综述和报告pubmed-search, citation-management, scientific-writing

3-秒快速入门

只需向 OpenClaw 发送消息:

install https://github.com/wu-yc/LabClaw

安装演示

用例

在实验室 (带 XR):

安装演示

仓库布局

LabClaw/
├── README.md
├── README.zh-CN.md
└── skills/
    ├── bio/         # 66 个技能:基因组学、蛋白质组学、单细胞、系统生物学
    ├── labos/       # 7 个技能:实验室机器人、LIMS/ELN、云平台、协议
    ├── vision/      # 5 个技能:手势跟踪、3D 姿态估计、分割、第一人称
    ├── pharma/      # 36 个技能:化学信息学、对接、药物设计、药理学
    ├── med/         # 20 个技能:临床研究、精准医学、肿瘤学、影像学
    ├── general/     # 48 个技能:统计学、ML、可视化、写作、可重复性
    └── literature/  # 29 个技能:搜索、数据库、拨款、专利、引文

相关仓库

如果您想将 LabClaw 放入更广泛的生物医学智能体生态系统中,这些项目特别相关:

仓库为什么它很重要
openclaw/openclawLabClaw 设计用来适配的主要运行时,它加载工作空间技能并提供技能平台、入职流程和智能体工作空间模型。
mims-harvard/ToolUniverse一个大型 AI 科学家工具生态系统。LabClaw 包含许多跨组学、药物发现、临床工作流程和文献研究的 tooluniverse-* 技能。
snap-stanford/Biomni一个互补的生物医学 AI 智能体项目。LabClaw 已经包含一个 biomni 技能,使其成为探索自主生物医学研究智能体的自然参考点。

完整技能目录

原始目录被保留在下方,但已分组到可折叠部分,以便在 GitHub 上更容易浏览。


🧬 生物学 & 生命科学 — 66 个技能

用于基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞分析、结构生物学、系统生物学和实验室自动化的工具。

66 个技能  ·  skills/bio/

生物信息学核心

技能描述
arboreto使用可扩展算法 (GRNBoost2, GENIE3) 推断基因调控网络 (GRN) 的基因表达数据。在需要... 时使用
bioinformatics计算生物学和基因组学分析管道。 GENERAL: 不锁定任何特定工具 — 使用 Scanpy, Seurat, DE...
biomni自主生物医学 AI 智能体框架,用于跨基因组学、药物发现、分子... 执行复杂研究任务。
biopython综合分子生物学工具包。用于序列操作、文件解析 (FASTA/GenBank/PDB), 系统发育分析,...
cobrapy基于约束的代谢建模 (COBRA)。FBA, FVA, 基因敲除, 通量采样, SBML 模型, 用于系统生物学...
etetoolkit系统发育树工具包 (ETE)。树操作 (Newick/NHX), 进化事件检测, 正交/异质, NCBI ...
geniml此技能应在处理基因组区间数据 (BED 文件) 进行机器学习任务时使用。用于...
gget快速 CLI/Python 查询 20 多个生物信息学数据库。在需要快速查找基因信息、BLAST 搜索、AlphaFold 结构... 时使用
gtars高性能工具包,用于 Rust 中的基因组区间分析,具有 Python 绑定。在需要处理基因组区域... 时使用
hypogenic自动化 LLM 驱动的假设生成和测试,适用于表格数据。在需要系统地探索... 时使用
scikit-bio生物数据工具包。序列分析、比对、系统发育树、多样性指标 (alpha/beta, UniFrac), 排序...

单细胞 & 空间转录组学

技能描述
anndata单细胞分析中用于注释矩阵的数据结构。在需要处理 .h5ad 文件或与... 集成时使用
cellxgene-census查询 CELLxGENE 人口普查 (61M+ 细胞)。在需要跨组织、疾病或... 获取表达数据时使用
scanpy标准单细胞 RNA 测序分析管道。用于 QC、归一化、降维 (PCA/UMAP/t-SNE), 聚类...
scvi-tools单细胞组学深度生成模型。在需要概率批次校正 (scVI), 转移学习... 时使用
tooluniverse-single-cell使用 scanpy、anndata 和 scipy 进行生产就绪的单细胞和表达矩阵分析。执行 scRNA-seq QC、归一化、降维...
tooluniverse-spatial-omics-analysis空间多组学数据整合和分析的计算分析框架。给定空间变量基因 (SVG), 空间...
tooluniverse-spatial-transcriptomics分析空间转录组学数据,以在组织结构中绘制基因表达。支持 10x Visium、MERFISH、seqFISH...
umap-learnUMAP 降维。快速非线性流形学习,用于 2D/3D 可视化、聚类预处理 (HDBSCAN), 监督/参数化 UMAP, 高维数据...

基因组学、NGS & 变异分析

技能描述
deeptoolsNGS 分析工具包。BAM 到 bigWig 转换, QC (相关性, PCA, 指纹), 热图/轮廓 (TSS, 峰值), 用于...
pydeseq2差异基因表达分析 (Python DESeq2)。从批量 RNA 测序计数中识别 DE 基因, Wald 检验, FDR 校正...
pysam基因组文件工具包。读取/写入 SAM/BAM/CRAM 对齐, VCF/BCF 变异, FASTA/FASTQ 序列, 提取区域, 计算...
tooluniverse-crispr-screen-analysis综合 CRISPR 筛选分析,用于功能基因组学。分析池化或阵列 CRISPR 筛选 (敲除, 激活...
tooluniverse-epigenomics用于 BixBench 问题的生产就绪基因组学和表观遗传学数据处理。处理甲基化阵列分析 (CpG)...
tooluniverse-expression-data-retrieval从 ArrayExpress 和 BioStudies 中检索基因表达和组学数据集。包含基因消歧, 实验质量评估, 结构化报告。创建包含元数据、样本信息、下载链接的全面数据集概况。在需要表达数据、组学数据集或提及 ArrayExpress (E-MTAB, E-GEOD) 或 BioStudies (S-BSST) 访问权限时使用
tooluniverse-gene-enrichment使用 gseapy (ORA 和 GSEA), PANTHER, STRING, Reactome 和 4... 执行综合基因富集和通路分析
tooluniverse-gwas-drug-discovery将 GWAS 信号转换为可操作的药物靶点和药物重定位机会。执行...
tooluniverse-gwas-finemapping使用统计精细映射和基因座到基因预测,在 GWAS 位点识别和优先排序因果变异。计算...
tooluniverse-gwas-snp-interpretation通过聚合来自多个数据库 (GWAS Catalog, Open ... ) 的证据来解释 GWAS 研究中的遗传变异 (SNP)。
tooluniverse-gwas-study-explorer比较 GWAS 研究,执行元分析,评估跨队列的复制。整合 NHGRI-EBI GWAS 目录和...
tooluniverse-gwas-trait-to-gene使用 GWAS Catalog (500,000+ 关联) 和 Open ... 发现与疾病和性状相关的基因
tooluniverse-immune-repertoire-analysis全面免疫组库分析,适用于 T 细胞和 B 细胞受体测序数据。分析 TCR/BCR 组库以...
tooluniverse-polygenic-risk-score使用 GWAS 摘要统计数据构建和解释多基因风险评分 (PRS)。计算...
tooluniverse-rnaseq-deseq2使用 PyDESeq2 进行生产就绪的 RNA 测序差异表达分析。执行 DESeq2 归一化, 散度估计...
tooluniverse-sequence-retrieval从 NCBI 和 ENA 检索生物序列 (DNA, RNA, 蛋白质)。包含基因消歧, 访问类型处理, 质量评估...
tooluniverse-structural-variant-analysis临床基因组学中综合结构变异 (SV) 分析技能。对 SV 进行分类 (缺失, 复制, 逆转录...)
tooluniverse-variant-analysis生产就绪的 VCF 处理、变异注释、突变分析和结构变异 (SV/CNV) 解释。
tooluniverse-variant-interpretation从原始变异调用系统地解释临床变异。提供 ACMG 分类建议, 结构影响...

蛋白质组学 & 结构生物学

技能描述
alphafold-database访问 AlphaFold 200M+ AI 预测的蛋白质结构。通过 UniProt ID 获取结构, 下载 PDB/mmCIF 文件, 分析...
esm蛋白质语言模型的综合工具包,包括 ESM3 (跨序列、... 生成多模态蛋白质设计)
pyopenms完整的质量光谱分析平台。用于蛋白质组学工作流程中的特征检测、肽段鉴定, 质谱数据处理...
tooluniverse-protein-interactions使用 STRING, BioGRID 和 SASBDB 数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用网络。映射蛋白质标识符, 获取...
tooluniverse-protein-structure-retrieval从 RCSB PDB, PDBe 和 AlphaFold 获取蛋白质结构数据。包含蛋白质消歧, 质量评估...
tooluniverse-proteomics-analysis分析质谱蛋白质组学数据,包括蛋白质定量、差异表达、翻译后修饰...
uniprot-database直接 REST API 访问 UniProt。蛋白质搜索, FASTA 检索, ID 映射, Swiss-Prot/TrEMBL。用于 Python 工作流程中的蛋白质信息...

多组学 & 系统生物学

技能描述
matchms质谱相似性和化合物鉴定,用于代谢组学。用于比较质谱, 计算相似度得分...
tooluniverse-metabolomics综合代谢组学研究技能,用于鉴定代谢物, 分析研究, 搜索代谢组学数据。
tooluniverse-metabolomics-analysis分析代谢组学数据,包括代谢物鉴定, 定量, 通路分析, 代谢通量分析。提供...
tooluniverse-multi-omics-integration整合和分析多个组学数据集 (转录组学、蛋白质组学、表观遗传学、基因组学、代谢组学) 用于系统生物学。
tooluniverse-multiomic-disease-characterization综合多组学、通路、治疗和疾病数据,进行疾病表征。
tooluniverse-phylogenetics生产就绪的系统发育和序列分析技能。用于比对处理, 树分析, 进化事件检测...
tooluniverse-systems-biology使用多个通路数据库 (Reactome, KEGG, WikiPathways, Pathway... ) 进行综合系统生物学和通路分析

生物数据库

技能描述
brenda-database通过 SOAP API 访问 BRENDA 酶数据库。检索酶动力学参数 (Km, kcat), 反应方程式, 生物体数据, ...
clinpgx-database访问 ClinPGx 药物基因组学数据 (PharmGKB 的继任者)。查询基因-药物相互作用, CPIC 指南, 等位基因功能...
cosmic-database访问 COSMIC 癌症突变数据库。查询体细胞突变, 癌症基因目录, 突变特征, 基因组融合...
ena-database通过 API/FTP 访问欧洲核苷酸档案。检索 DNA/RNA 序列, 原始读取 (FASTQ), 基因组组装...
ensembl-database查询 Ensembl 基因组数据库 REST API, 250+ 物种。基因查找, 序列检索, 变异分析, 比较基因组学...
kegg-database直接 REST API 访问 KEGG (仅限学术使用)。通路分析, 基因-通路映射, 代谢通路, 药物相互作用...
metabolomics-workbench-database通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台 (4,200+ 研究)。查询代谢物, RefMet 命名法, MS/NMR 数据, 化学物质/代谢物...
reactome-database查询 Reactome REST API, 用于通路分析, 富集, 基因-通路映射, 疾病通路, 分子相互作用...
string-database查询 STRING API, 用于蛋白质-蛋白质相互作用 (59M 蛋白质, 20B 相互作用)。网络分析, GO/KEGG 富集...

实验室平台 & 成像

技能描述
flowio解析 FCS (流式细胞术标准) 文件 v2.0-3.1。将事件作为 NumPy 数组提取, 读取元数据/通道, 转换为 CDF 格式...
histolab轻量级 WSI 图像提取和预处理。用于基本切片处理, 组织检测, 图像提取, 状态检测...
lamindb当您正在处理 LaminDB (生物学开源数据框架) 时使用此技能, 使数据可查询...
omero-integration显微镜数据管理平台。通过 Python 访问图像, 检索数据集, 分析像素, 管理ROIs/注释...
pathml功能齐全的计算病理学工具包。用于高级 WSI 分析, 包括多重免疫荧光 (C...
🤖 LabOS & 实验室自动化 — 7 个技能

用于实验室机器人、LIMS/ELN 系统、云平台和科学协议管理的工具。针对斯坦福 LabOS 工作流程和自动化实验室研究进行了优化。

7 个技能  ·  skills/labos/

实验室机器人 & 自动化

技能描述
pylabrobot厂商无关的实验室自动化框架。在需要控制多个设备类型 (Hamilton, Tecan, Opentrons, 移液仪, 读取器, 泵) 或需要在不同厂商之间统一编程时使用。最适合复杂工作流程, 多厂商设置, 仿真。
opentrons-integration官方 Opentrons 协议 API, 用于 OT-2 和 Flex 机器人。在编写针对 Opentrons 硬件的协议时使用, 具有对 Protocol API v2 功能的完整访问权限。最适合生产 Opentrons 协议, 官方 API 兼容性。

LIMS/ELN 系统

技能描述
benchling-integrationBenchling R&D 平台集成。通过 API 访问注册 (DNA, 蛋白质), 库存, ELN 条目, 工作流程。
labarchive-integration电子实验室笔记本 API 集成。访问笔记本, 管理条目/附件, 备份笔记本, 与实验室工作流程集成。

实验室云平台

技能描述
latchbio-integration用于生物信息学工作流程的 Latch 平台。使用 Latch SDK, @workflow/@task 装饰器, 部署无服务器生物信息学应用程序, 云生物信息学。
dnanexus-integrationDNAnexus 云基因组平台。构建应用程序/applets, 管理数据 (上传/下载), dxpy Python SDK

页面上的每个数字都来自记录下来的 stargazer 到达时间,没有评分公式,也没有 AI 判定。 任何结论都可以用 /api/v1/repos/{id}/stats 里的原始增量自己重算。